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化疗(chemistry)使用抗癌药物，这些药物被注射到静脉或肌肉中，或者通过口腔服用来杀死癌细胞。这些药物进入血液，几乎到达人体的所有区域，使这种疗法对某些类型的扩散性癌症有用。
不幸的是，胃肠道类癌通常不利于化学反应。因此，化疗通常只用于已经扩散到其他器官、引起严重症状、对其他药物无反应或分级较高(3级)的肿瘤。
用于治疗胃肠道类癌的化学品包括：
卡培他滨(希罗达)
5-氟尿嘧啶(5-FU)
阿霉素
依托泊苷(VP-16)
达卡巴嗪(DTIC)
链霉素
替莫唑胺
奥沙利铂
有些肿瘤，尤其是高级别肿瘤，可以用多种药物治疗。对于这些，可以使用5-FU链脲佐菌素、5-FU阿霉素或奥沙利铂卡培他滨的组合。
医生会定期进行化疗，每个治疗阶段结束后休息一下，让身体有时间恢复。化学周期通常持续约3至4周，初始治疗通常持续4至6个周期。
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