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巨细胞病毒感染的临床表现有明显差异性，有的人群感染了以后，没有任何不适的症状。有的人群根据感染部位的不同，它的临床表现也不一样。对于免疫功能正常的人群来说，部分巨细胞病毒感染没有症状，也不需要特殊的治疗，具有自限性。免疫功能低下的患者，尤其是HIV感染的患者，很容易合并巨细胞病毒感染，对于这样的患者来说，需要抗病毒治疗。它的病情的严重程度，与CD4细胞的数目也有一定关系。还有一部分人群巨细胞病毒感染，以肝功能损害发病，会出现发热伴肝功能的异常，这类的患者除了保肝、降酶治疗以外，还需要进行抗病毒处理。
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