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艾滋病的发病期感染者常见的消化系统并发症主要如下：1、隐孢子虫感染，可导致患者持续而严重的腹泻，大便每日10次以上，并有严重的吸收不良及体重减轻，隐孢子虫还可导致胆囊感染；2、结核杆菌及鸟分枝杆菌等多种病原体均可导致胃肠系统感染，临床表现为口腔炎、食管炎和溃疡、急慢性胃肠炎、消化道出血及肠结核等；3、同性恋患者常出现肛周疱疹、病毒感染所致的疱疹性直肠炎；4、巨细胞病毒感染，可致食管炎、食管溃疡、胃溃疡及肠炎，也可感染胆道导致胆总管、肝内胆管弥漫性的狭窄及无结石性胆囊炎，表现为发热、右上腹疼痛及黄疸等类似胆石症的临床特点；5、假丝酵母菌感染，尤其是白色假丝酵母菌感染，可导致食管的假丝酵母菌病；6、在西方国家患者合并丙型肝炎病毒感染几率很高，有时也会合并乙型肝炎病毒感染，两者均可导致慢性肝炎及肝硬化，甚至引起重型肝炎；7、阿米巴原虫、篮氏贾第鞭毛虫等原虫，也是艾滋病患者胃肠系统感染常见的病原体。
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