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耐药是结核菌极为重要的生物特性，与治疗成败关系极大，目前认为结核菌耐药主要是药物作用的靶点突变所致，根据患者感染结核菌，体外药敏实验，结核分枝杆菌耐药可分为单一耐药，多耐药，耐多药，严重耐多药。单一耐药，指患者感染的结核分枝杆菌，对体外一种一线药物耐药，多耐药指对不包括异烟肼和利福平在内的两种以上一线药物耐药，耐多药指对异烟肼和利福平耐药，严重耐多药，是在耐多药的基础上，还对氟喹诺酮类药物中的一种以及以上，至少对注射药物卷曲霉素，卡那霉素和阿米卡星中的一种耐药。
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