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随着基因组研究的进展，在ALL中发现很多具有预后意义的重现性遗传学异常，包括预后不良的Ph+、t（4；11）/KMT2A-AFF1重排、低二倍体、TP53突变及Ph样改变。同时，TKI的应用极大地改善了Ph+ALL患者的预后，成为靶向及个体化治疗异质性疾病的典范 。
MLL重排多表现为混合细胞性白血病，约占总数5%，通常预后较差。MLL重排可伴有H3K79基因甲基化，此过程需要DOTL1蛋白催化，而DOTL1蛋白抑制剂针对复发难治人群的临床研究正在进行中。MLL基因重排患者肿瘤细胞通常高表达bcl-2、BAX以及BIM蛋白，因此bcl-2抑制剂维奈托克可能存在治疗空间。
Ph样改变首先在儿童患者中被发现，且伴有不良预后。Ph样改变ALL在儿童中的发生率为10%~15%，青少年及年轻成人患者（AYAs）约为25%，成人患者为20%~30%；三者的5年无事件生存率（EFS）分别为58.2%±5.3%（高危儿童）、41.0%±7.4%和24.1%±10.5%。相比于不合并Ph样改变的ALL成人患者，Ph样ALL成人患者（21-86岁）的5年无事件生存率显著降低（22.5%vs49.3%；p＜0.001）。
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