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胶质母细胞瘤(glioblastoma, GBM)是成人最常见的一种恶性脑肿瘤,约占脑和其他中枢神经系统恶性肿瘤中的48.6%,目前缺乏有效的临床治疗手段,患者平均5年生存率只有7%,平均存活时间仅有12个月。临床基因组分析表明,在超过一半的GBM中发现了表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因改变,主要包括EGFR基因扩增和突变等功能获得性突变。虽然面向GBM通过靶向EGFR抑制进行了一系列药物研发,但是并未从根本上改善患者的生存率。除了GBM中的EGFR突变使药物会很快产生耐药外,其他耐药机制大多仍未明确,可能来自于药物对肿瘤组织的渗透不足,或是存在冗余的信号通路变化使得肿瘤细胞从EGFR激酶抑制的作用中逃逸。因此,寻找GBM中除了EGFR突变之外的反应信号传导或代谢途径,将有可能为克服耐药及联合治疗策略提供基础。基于此,来自美国的研究人员发展了基因组功能筛选的方法,并最终发现了靶向EGFR的药物来那替尼作用的新通路及其机制。
首先,研究人员利用泛ErbB激酶不可逆抑制剂来那替尼处理EGFR突变的SF268 GBM细胞,结合全基因组CRISPR-KO筛选,从而富集发现了抗性靶标,如一般性调控阻遏蛋白2(general control nonderepressible 2,GCN2)的sgRNA EIF2AK4.研究发现,GCN2缺失会增强EGFR突变GBM细胞对来那替尼的抗性,进一步在对人源TS895球型的GBM细胞进行体内和体外敲除GCN2后,也观察到对来那替尼的抗性提高。
在筛出了GCN2这一抗性基因后,为了探索来那替尼通过GCN2发挥作用的下游信号通路,研究人员分析了筛选到的与来那替尼抗性相关的其他基因:例如,GCN1,在整合应激反应(integrated stress response ,ISR)中可将不带氨基酸的tRNA结合到GCN2上并促进其磷酸化激活;其次,ATF4,作为ISR的另一个成员,该基因位于GCN2下游,细胞生长实验证实ATF4-KO能够增强对来那替尼的抗性,免疫印迹实验也显示出了GCN2的激活和ATF4表达量的增加密切相关;除此之外,GADD34,作为该通路中的负调节因子,敲除GADD34会增强GBM细胞对来那替尼的敏感性,细胞生长被抑制,促进细胞凋亡,而回补GADD34又会抑制细胞凋亡,增强药物抗性。综上,结合GCN2的结果,他们推导出来那替尼在GBM细胞中除了抑制EGFR外,还会通过GCN2/ATF4通路的持续激活,从而促进细胞死亡。
为了探究来那替尼导致的EGFR抑制和GCN2激活之间的关联性,研究人员首先检测了两条通路的剂量反应关系,发现它们作用浓度无交叉且趋势无相关。此外,用EGFR下游效应蛋白抑制剂处理对GCN2通路无效应,不同细胞中不同的EGFR表达水平也与来那替尼诱导的ATF4表达水平无关。值得注意的是,在对来那替尼耐药的EGFR和HER2双突变细胞中,EGFR的激活不再受抑制而GCN2通路还是照样激活,这些证据都表明来那替尼对EGFR抑制和GCN2激活两条通路的影响是无关联的。
在排除了氨基酸缺乏导致GCN2通路信号激活的可能性后,研究人员猜测来那替尼可能是直接结合并激活GCN2.因而,他们利用ATP替代实验发现来那替尼会剂量依赖性与ATP竞争结合GCN2,且同位素标记ATP实验测得来那替尼剂量依赖性激活GCN2的激酶活性,提示了来那替尼直接结合GCN2并激活其活性。
在此基础上,研究人员筛选了其他激酶抑制剂对GCN2激活的普适性。根据NIH LINCS KINOMEscan的数据,他们发现除了来那替尼,还有其它一些激酶抑制剂会结合GCN2,例如erlotinib和gefitinib可以结合,但非可逆二代抑制剂的canertinib并不结合。为了分析这些不同类型的激酶抑制剂激活GCN2的原因,研究人员对EGFR结合来那替尼和GCN2结合dovitinib的激酶结构域的晶体结构进行比对,提出来那替尼可能是结合进GCN2的激酶结构域中不同区域从而关闭ATP结合口袋。
为了阐明来那替尼能激活GCN2激酶活性这一反常现象的机制,他们使用更大范围的抑制剂浓度进行体外放射性激酶活性实验,发现GCN2的活性是随着抑制剂浓度先增高后减弱,特别是在没有tRNA存在时也能激活GCN2.基于此,研究者提出:来那替尼与GCN2二聚体中其一结合并诱导构象变化,稳定tRNA结合并通过未结合的单体导致酶活性增强,来那替尼浓度的进一步增加导致两个激酶结构域都结合药物,最终导致GCN2激酶活性降低。
综上,研究者通过全基因组功能筛选找到了靶向肿瘤EGFR突变的激酶抑制剂作用新机制,发现来那替尼通过EGFR抑制和意料之外的GCN2激酶的激活来共同抑制肿瘤细胞生长和肿瘤细胞死亡,并提出了一个类似于RAF蛋白二聚体被其自身激酶抑制剂反式激活的模型,不过这种激酶抑制剂“脱靶”激活的效应是之前所没想到的,这种抑制剂激活激酶启动GCN2/ATF4轴的效应可能在未来的激酶抑制剂中得以应用以增强其抗肿瘤活性。如有需要,请咨询海外医疗医学顾问:或扫码添加下方微信,我们将竭诚为您服务!点击拓展阅读:贺俪安/奈拉替尼(NERATINIB)在HER2阳性乳腺癌治疗中的疗效和安全性如何?
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