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线粒体脑肌病一旦明确诊断以后，目前尚无特效的治疗方法，可给予一定的对症治疗，可以长期应用维生素E、ATP、辅酶Q10和B族维生素治疗，有的患者可以减轻症状。线粒体脑肌病目前难以治愈。
运动疗法主要是采用耐力的训练，可以给患者适当的进行饮食的治疗，饮食疗法对于不同的缺陷的疾病采取不同的饮食的方式。线粒体脑疾病的治疗，首先此病是由于遗传基因缺陷所导致的，因此在临床上无法得到治愈，只能够进行对症的治疗，缓解患者的症状。治疗的药物，包括清除自由基的药物，辅酶q10，维生素c和维生素e等；
1、饮食宜维持患者能量代谢平衡和稳定，避免饥饿、饮酒、高脂肪，低糖饮食。2、运动疗法宜采取有氧耐力锻炼，提高线粒体疾病患者的肌力，降低线粒体基因突变比例。3、改善线粒体功能药物包括大剂量辅酶Q10、艾地苯醌、维生素K3、左卡尼汀、精氨酸及硫辛酸等口服。线粒体脑疾病急性发作期可用依达拉奉、L—精氨酸静脉滴注。补充代谢酶类如胍氨酸、精氨酸、亚叶酸、维生素B1、维生素B2，左旋肉碱等。
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