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线粒体脑肌病并没有什么特效的治疗方法，现在临床上主要是对症治疗，具体的措施有：1、饮食疗法：建议进食高蛋白，高碳水化合物和低脂食物，可以代偿受损的糖异生和减少脂肪分解，减少内源性毒性代谢产物。2、药物：三磷酸腺苷，艾地苯醌，辅酶Q10，大量B族维生素可使血乳酸和丙酮酸水平降低。左卡尼汀可以促进脂质代谢。中药黄芪，枸杞，党参等可以补气活血，也可改善症状。3、其它：物理治疗可减轻痛苦。
线粒体脑肌病确诊之后就要尽快清除自由基，也需要联合一些能抗氧化的药物来辅助治疗，比如维生素e、维生素c。线粒体脑肌病是属于一种基因遗传性疾病，所以中途要进行基因治疗。当肉碱缺乏后，也要尽快补充肉碱，保持身体平衡。治病时要注意情绪方面的调整，避免癫痫以及偏头痛反复发作。
线粒体生能器官,是人体细胞能量的主要来源。线粒体内氧化活性物质是线粒体的基本功能,通过呼吸链的电子传递合成ATP。结果,线粒体的结构和功能异常常常导致整个能量代谢过程的紊乱,从而导致一系列疾病,其中涉及神经系统的最常见疾病就是线粒体脑病和线粒体肌病,这两类疾病都与遗传和代谢有关。当前线粒体脑病尚无特效治疗方法,药物治疗也主要以控制症状为主。
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