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格列卫(伊马替尼)的耐药性是目前尤为重要和矛盾的问题。因为格列卫的出现给胃肠道间质瘤患者带来了很大的生存益处，但格列卫耐药后怎么办也随之而来。耐药性问题已经探索了十多年。到目前为止，已经找到了一些解决方案，但也有一些不尽如人意的地方。耐药性的出现首先要区分耐药性的表现形式，即耐药性的分类。首先是局灶性进展，即出现局灶性耐药病灶；另一种是出现多种耐药病灶，采用不同的治疗方法。
对于耐药患者，最重要的治疗原则是手术干预。对于病灶进展的患者，手术干预非常重要。但进展广泛的患者主要以药物治疗为主，需要个体化治疗。关于个体化治疗，目前人们更愿意根据不同的耐药机制选择不同的后续药物，这是一个理想化的治疗过程。比如伊马替尼浓度不够。或许后续治疗是增加伊马替尼的剂量和浓度。
或者是存在二级基因突变，比如二级外显子13突变和二级外显子17突变，以及后续的药物治疗不同。如果是第二外显子13突变，舒尼替尼可能是更好的药物。如果存在第二外显子17突变，就要考虑是否可以将对第17外显子突变更有效的瑞格非尼提前，因为舒尼替尼对第二外显子17突变的治疗效果并不理想，但这是一个有争议的话题。一般来说是根据不同的耐药机制选择相应的治疗方案。
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