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骨髓纤维化其确切的发病原因及发病的机制还不是很清楚。约半数的患者在确诊时都发现存在克隆性异常核型，所以目前认为是多能造血祖细胞发生染色体突变后引起的病变。这些患者存在JAK2基因突变，源自成纤维细胞的过量、胶原的异常沉积，是形成骨髓纤维化的基础。同时一些细胞生长因子也涉及了骨髓纤维化的发生，少数患者可能或者化学物质甲苯、苯、二氧化钍有关。
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