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克罗恩病的发生是由环境、遗传、感染和免疫等多种因素相互作用所导致的。1、环境因素包括：饮食、吸烟、卫生条件或者生活方式，以及暴露于某些不明的因素。2、遗传因素是指：克罗恩病的发病有遗传倾向。3、感染也在克罗恩病的发生和发展中，起重要作用。4、一般认为，该病是针对自身正常肠道菌群的异常免疫反应性疾病。免疫反应也在克罗恩病的发生和发展中，以及转归过程中，始终发挥重要作用。因此，该病的发病主要是由于环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动了难以停止的，发作与缓解交替的肠道天然免疫以及获得性免疫反应，从而导致肠黏膜屏障损伤，溃疡经久不愈、炎性增生等病理改变。
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