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系统性硬化症的确切病因目前还不是很清楚，但是研究表明，其发病与遗传因素、内分泌因素和环境因素等有关。具体如下：一、遗传因素。尽管系统性硬化症不是按照经典的孟德尔规律遗传，但是遗传因素依然是目前为止发现的最大的危险因素；二、内分泌因素。内分泌失调是系统性硬化症的一个重要原因，系统性硬化症好发于育龄妇女，且多在生育期发病，口服避免药以及妊娠等均有可能使病情加重，提示本病与雌激素有一定的联系；三、环境因素。环境中的某些有毒化学物质，比如有机溶剂、硅、聚氯乙烯等，以及某些的药物，比如博来霉素等，可能诱发系统性硬化症。
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