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对于可切除的胃肠间质瘤，可采用局部切除、楔形切除，胃大部切除术等术式，切缘距肿瘤1~2厘米完全切除即可，不需要清扫淋巴结，腹腔镜手术较开腹手术创伤小，远期治疗效果无明显差异。为防止肿瘤破裂，增加复发及转移风险，腹腔镜手术一般限于直径5厘米以下的间质瘤。对间质瘤多灶，巨大，或伴发胃癌者可采用全胃切除术，规范的肿瘤外科手术操作，也是预防肿瘤复发的关键，包括完整切除肿瘤，防止破溃，确定安全边缘等。对切除风险较大或严重影响脏器功能者，应先行术前药物治疗，待肿瘤缩小后再手术，对分子靶向治疗有效且肿瘤维持稳定的复发，或转移性胃肠间质瘤，在估计对所有病灶均可清除的情况下，可以切除全部病灶。
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