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肺毛霉菌的防治主要是要用两性霉素b进行治疗。两性霉素b为治疗为肺霉菌病的首选药物，对本病的治疗疗效最佳，静脉滴注则疗效最好，同时还可以使用氟胞嘧啶，两性霉素b脂质体等等。两性霉素b脂质体，它可以降低毒性，并增加两性霉素b的防治效果。对于病情较重，形成坏死组织的患者，可以使用引流以及手术治疗，尽量清除坏死组织。对于存在有糖尿病的患者导致的酸中毒，要积极的控制糖尿病的血糖水平。
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