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感染丙型肝炎病毒后，疾病不会马上发生，但会有一个缓冲期，这就是丙型肝炎的潜伏期，感染后血液中出现病毒并能检测到足够多的相应病毒标志物(抗原或抗体)的时期，属于丙型肝炎的窗口期，丙型肝炎的窗口期和丙型肝炎的潜伏期有什么区别？丙型肝炎感染的临床表现一般较轻，常为亚临床，但输血后感染潜伏期一般为20天至6个月，也有2-26周的报道，平均8周。急性丙型肝炎病毒感染后1 ~ 3周，输血感染者潜伏期为7 ~ 33天，平均19天。也有专家指出，丙肝的潜伏期可长达20年。在此期间，几乎没有任何迹象。然而，无症状并不意味着它没有杀伤力。没有及时的诊断和治疗，约75%-85%的丙肝患者会在6个月后发展为慢性丙肝，其中10%-30%的患者在患病约20年后可能发展为肝硬化，甚至3%-10%会发展为致命的肝癌。
丙肝病毒属于RNA病毒，非常容易变异。人体感染病毒后，抗体产生前，会有一个“窗口期”。在“窗口期”，即使患者已经感染病毒，由于针对病毒的抗体不稳定，检查抗病毒抗体的结果为阴性，容易造成漏诊。
与抗体出现较晚相比，丙型肝炎核心抗原的出现时间远早于抗体，从感染丙型肝炎到抗丙型肝炎的平均时间约为60天，是丙型肝炎的窗口期，但丙型肝炎病毒感染后12 ~ 15天即可检出丙型肝炎病毒核心抗原，比丙型肝炎病毒核心抗体早5 ~ 7周。Peterson等人报道，HCV核心抗原的出现只比HCV RNA晚一天。因此，丙型肝炎核心抗原筛查可用于丙型肝炎感染的早期诊断。
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