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虽然上述例子是回顾性观察,但它们说明了标准化B因子的差异如何以预测的方式用于基于结构的药物设计。使用归一化B因子的分析可以直接显示氨基酸的构象差异和动力学影响。虽然计算化学也可以用来探索这种差异,但归一化的B因子是通过实验获得的,并已成为PDB晶体结构数据包的一部分。
总之,与克唑替尼相比,劳拉替尼显著改善了ROS1和ALK L1196M的生化和细胞抑制作用。效力的增强与克唑替尼和洛替尼的动力学趋势密切相关,该动力学趋势由ROS1和ALK共晶结构的归一化B因子量化。标准化B因子的这些差异是由于该回顾性分析中的特定相互作用。这些分析显示了如何使用归一化的B因子来支持SBDD。
标准化的B因子数据和分析增加了共晶结构数据在基于结构的药物设计中的使用价值。它提供了关于蛋白质-配体复合物动力学的信息,可以帮助您找出有利于或不利于结合的具体差异。我们发现,当通过小的结构变化和基于特定残基的观察进行比较时,归一化B因子分析是最有效的,如上文回顾性案例研究所示。
标准化B因子的变化可能表明感兴趣的特定相互作用的增加或减少。即使是配体结构的微小变化也可以在许多方面改变结合亲和力:由亲脂性驱动的变化或由蛋白质株、配体株、去溶剂细粒等引起的变化。使用标准化的B因子,传统结构分析/SBDD和亲脂性效率的改进可以帮助消除这些差异,并对成功的药物设计产生重大影响。
当结合位点残基的绝对位置在不同效力的抑制剂中是保守的时,标准化的B因子分析特别有用。在这种情况下,它有很大的潜力来帮助分析蛋白质和配体之间的相互作用强度,并且它可以增加在其他方面不明显的观点。除了分析蛋白质-配体复合物,标准化的B因子也可以用来改进预期化合物的建模。劳拉蒂尼一个月多少钱?哪里可以买到?详情请咨询下方微信。
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