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乙肝抗病毒治疗是慢性乙肝治疗中最重要的环节.一般在临床诊断过程中，乙肝病毒的复制特点、病毒变异、人体免疫系统对乙肝病毒的免疫耐受以及患者认识不足等诸多因素导致抗病毒治疗存在诸多问题和困难。
一个
乙型肝炎病毒突变
乙肝病毒是一种逆转录病毒，通过自身的脱氧核糖核酸聚合酶复制。这种酶缺乏自我纠正，当免疫系统对感染的野生株乙肝病毒产生特异性免疫反应时，野生株乙肝病毒的复制受到抑制；然而，突变体可以逃避已形成的抗病毒免疫，突变体逐渐从劣势成为优势菌株。身体也会对高滴度突变体产生免疫反应，造成肝脏再损伤；随着抗病毒药物的长期应用，也可产生耐药突变体，导致肝细胞损伤。临床上HBeAg阴性、抗HBe阳性、乙肝病毒DNA复制仍明显的约占慢性乙肝的1/4，导致治疗困难。S基因等其他变异很少见，不会给临床治疗造成困难。
2
免疫耐受
乙肝病毒感染常引起人体免疫系统对HBV病毒的免疫耐受和部分耐受，使其难以激活对乙肝病毒的特异性免疫，不利于乙肝抗病毒治疗.
三
治疗时机不合适
适应症选择不当：乙肝抗病毒治疗的最佳适应症是HBV DNA阳性、ALT在80-400单位之间波动的慢性活动性乙肝患者。肝功能正常的患者在治疗初期可将HBV DNA转为阴性，但绝大多数在停止治疗后又转为阳性。
四
不正规治疗
治疗后，部分患者刚达到HBV DNA阴性转化的初步效果，误以为病毒已清除，自行停药。这样的治疗不仅可以抑制乙肝病毒，还会加速耐药性的发生，甚至使病毒的复制反弹，导致肝病加重。
五
对抗病毒治疗认识不足
部分患者乙肝病毒DNA滴度高，肝功能长期异常，但由于不接受长期用药，害怕病毒突变，不敢接受抗病毒药物治疗。这会使病毒在体内不断复制，肝细胞坏死会持续存在，刺激肝脏内大量纤维组织增生，导致肝硬化。
六
忽视“小三阳”的治疗
部分患者肝功能异常，可能是乙肝病毒感染所致。患者E抗原阴性，长期仍有HBV DNA阳性。肝脏损伤会继续发展。患者常伴有持续性或间歇性ALT升高。因此，这样的“小三阳”乙肝患者还是需要抗病毒治疗的。抗病毒治疗后，乙肝病毒复制受到抑制，肝细胞坏死停止。
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