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幼年特发性关节炎，目前病因和发病机制仍未完全清楚。经研究考虑与遗传因素，免疫紊乱和感染有关。因为国内报道有阳性家族史的患儿占有21.2%，所以考虑还是与遗传有关。幼年特发性关节炎的孩子存在着免疫紊乱，已经得到大量实验室的证明，如血清IgG、IgA、IgM升高，与关节炎和少年型关节炎中人类白细胞抗原的阳性率分别达到100%和20%。另外感染可能也是幼年特发性关节炎触发的因素，也可能是最常见的并发症。多数人认为遗传因素决定的是自身免疫损伤是幼年特发性关节炎的内因，而感染为代表的环境因素是幼年特发性关节炎疾病的外因。
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