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马凡氏综合征是由于基因突变造成的，基因突变的基因是原纤维蛋白基因编码。原纤维蛋白可帮助结缔组织保持强度，因为结缔组织是坚韧的，通常是纤维状的组织将人体结构粘合在一起，并提供支撑。如果原纤维蛋白基因发生突变，结缔组织的某些纤维和其他部分将发生变化，最终削弱组织强度，这种弱化就影响了骨骼和关节，以及内部结构，如心脏，血管，眼睛，肺和中枢神经系统。组织由于弱化而伸展、扭曲甚至撕裂，例如主动脉可能会发生弱化、隆起或折叠，心脏瓣膜组织薄弱导致瓣膜损害。
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