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利奈唑胺最常见的不良反应是腹泻、恶心呕吐、头痛和皮疹等胃肠道症状。发生率较高的严重不良反应为骨髓抑制，包括白细胞减少、贫血和血小板减少。利奈唑胺引起的血小板减少症尚无统一的诊断标准。
2021年，Gerson等采用血小板减少症的标准为：血小板基线值(开始治疗前血小板检测值)大于或等于正常下限(血小板计数100109/L)，用药后血小板计数小于正常下限的75%，或血小板基线值小于正常下限(血小板计数100109/L)，用药后血小板计数小于基线值的75%。
利奈唑胺相关性血小板减少症的主要危险因素包括基础PLT200109/L、肌酐清除率30 ml/min、体重50 kg、疗程14天、年龄65岁。Cattaneo等认为，衰老患者的组织器官退化，机体代谢速度减慢，容易产生药物蓄积。
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